大环内酯抗生素一般残留在动物源性食品，如肉类、动物内脏、牛奶及奶制品、禽蛋中，基体中需要除去的干扰成分主要是蛋白和脂肪。
为达到这个目的，在样品提取中，最常用的方式是使用甲醇或者乙腈进行提取。被提取的样品经过匀浆后，加人适量的溶剂如甲醇或者乙腈，溶剂起到使蛋白沉淀的作用·通过高速离心分离，上清液中基本上不存在蛋白质。而甲醇-水或者乙腈-水对脂肪的溶解能力不强，提取液中脂肪的剩余相对较少；在酸性条件下，大环内酯类抗生素有一定质子化倾向，可以促进目标物质从组织中向水相的溶出。使用甲醇或者乙腈提取时，加入60％～70％比例的0.1％～0.3％的偏磷酸溶液也可以有效地保证较高水平的回收率。
需要注意的是，大环内酯类化合物对酸、碱都不是非常稳定，在较高酸度下糖苷键有可能水解，而强碱性环境下内酯环又有可能开环。一般来说，在提取过程中pH值的调节都是使用磷酸盐等缓冲液，或者NaHCO3这样的弱碱性盐。 支撑液膜萃取是通过构建个用于传质的液膜，使相邻的三相变成互不相溶的水-油-水或者油-水-油相，通过目标物质在中间液膜相和给体相之间的分配，以及在受体相和中间液膜相之间的分配，通过动态的萃取反萃取过程达到提取和富集被分析物的目的。大环内酯类抗生素上的叔胺基的质子化和去质子化，给这类药物的支撑液膜萃取方法的建立提供了可能：调高给体相的pH值，使叔胺基去质子化，大环内酯极性降低，大部分分配到有机的液膜相中；而受体相则为低pH值的水溶液，叔胺在其中重新质子化，极性增强，相当于从液膜相中反萃取出来。用这种方式，基体中绝大多数干扰成分都难以被提取出来，因此，提取的样品无需作进一步的净化处理。Msagati等首次建立了泰勒菌素、螺旋霉素和红霉素3种物质的支撑液膜萃取预分离流程，并对给体和受体的pH值及富集时间进行了系统的优化。最后确定给体相为pH值为9的磷酸盐缓冲溶液，受体相则为pH值为3的磷酸盐缓冲溶液，液膜相由1：1的正癸醇-十烷构成。
液液萃取和固相萃取是这类物质常用的净化技术。对前者而言，样品经初步提取后，经液-液萃取去除杂质，常用的萃取溶剂有乙腈-正己烷、乙腈-异辛烷等。在净化来自动物样品提取物的大环内酯抗生素过程中，许多种类的固相萃取柱都有应用的报道，包括反相保留原理C18，C8和氰基柱固相萃取柱以及正相保留原理的硅胶固相萃取柱及diol固相萃取柱，离子交换保留机理的SCX同相萃取柱，混合保留机理的HLB大孔径聚合物固相萃取柱等。
