澳大利亚作为欧盟1994年第一个签署双边科技合作协定的第三国，双方的科技创新合作不断深化、日益广泛，已成为双方战略合作伙伴关系的重要组成部分。截止目前，双方已建立起三大常设合作机制：1）欧盟澳大利亚科技合作联委会（JSTCC）；2）欧盟澳大利亚科技合作论坛（FEAST）；3）欧盟澳大利亚科技创新合作项目联合招标机制（AUS-ACESS4EU）。
欧委会研发创新总司（DG RTD）和澳大利亚工业创新、科研与高教部（DIISRTE）具体负责双方的科技创新合作事宜。双方的科技创新合作，始终围绕科学技术卓越、工业领先水平和应对社会挑战，三大优先战略目标展开。加强双方科技人员合作交流、促进科技成果转移转化、联合开展合作研究，包括鼓励和支持双方工业界开展先进技术合作，特别是创新型中小企业（SMEs）和创新集群合作。双方已建立起畅通的信息沟通网络体系，2012年10月提前完成双方合作网络体系的成员国/州接触点（NCPs）部署。双方相互开放各自的科技计划，各自科技项目招标积极吸引对方科技人员参与。
经过试运行并在双方确认的基础上，双方联合项目招标机制于2013年正式启动，共收到双方参与方提交的合作项目申请书49项，经过国际同行独立评审专家组的公平透明程序审议，其中的28项最终获得联合机制资助。目前大多数合作项目仍在进行当中，但中期评估结果显示，80%以上的合作项目已建立起紧密的合作伙伴关系，且项目进展顺利。
欧盟澳大利亚加强科技创新合作，不仅有力地促进了双方的合作关系，同时在推动欧盟成员国开展同澳大利亚的科技创新合作方面，发挥了不可替代的积极指导作用。
